В алхимии человек или его отдельные материальные и нематериальные компоненты (сознание, тело, дух, душа, отдельные энергии и т. п.) рассматриваются как обладающие определенными химическими и физическими свойствами субстанции, и с ними производятся некоторые операции, описываемые на языке химических превращений. Параллельно основной — химической — метафоре часто развиваются другие символические ряды; особенно богата в этом отношении европейская алхимия. Все без исключения алхимические учения отличаются таинственностью и секретностью, что в ходе истории часто давало повод к их превратному пониманию.

Представление об алхимии как «примитивной химии», сложившееся в науке к концу XIX в., было полностью пересмотрено в XX в. Однако считается, что именно алхимия дала толчок к развитию современной химии. В исследованиях различных алхимических традиций алхимические системы трансформации человеческого существа часто обозначают как «внутреннюю алхимию», а практики получения различных веществ — как «внешнюю алхимию» (термины происходят из китайской алхимии — перевод «内丹 nèi dān» и «外丹 wài dān» соответственно). В действительности, ни одна из «внешних алхимий» не является цельной самостоятельной системой. Все они представляют собой лишь смесь неправильно понятых и деградировавших методик из соответствующих «внутренних алхимий», дополненных некоторыми практическими химическими и фармакологическими знаниями. Последние в ходе истории служили основой первых чисто химических описаний. Представление о независимом существовании самостоятельных «внешнеалхимических» школ и тем более о происхождении «внутренней алхимии» из «внешней» не выдерживает критики ни для одной из традиций. «Внешняя» алхимии всегда является либо частью соответствующей «внутренней», либо вульгаризацией и ложной интерпретацией последней.

Реальные алхимические традиции, по всей видимости, сочетают внутреннюю работу с получением и приемом некоторых веществ. Как и все эзотерические знания, алхимия строится на постулате о подобии микрокосма и макрокосма.

Во всех алхимических традициях исключительную роль играет ртуть и ее сульфид — киноварь (HgS), которые порой даже дают название всей алхимической системе, как, например, «расаяна» (один из смыслов — «колесница ртути», «учение ртути») — индийская алхимическая традиция, «дань (цинь)» («(искусство) киновари») — китайская. В европейской алхимии слово, обозначающее ртуть, совпадает с именем покровителя алхимии — Меркурия (бога и планеты) и ее легендарного основателя (Гермеса Трисмегиста). Кроме того, используются сера, 6 традиционных металлов (свинец, железо, медь, олово, серебро, золото), соединения мышьяка (прежде всего аурипигмент и реальгар), сурьма, селитры, щелочи и некоторые другие неорганические соединения и органические соединения, в китайской, индийской и тибетской алхимии, кроме того, драгоценные камни и травы.

Во всех алхимических системах важное значение имеют идеи:

очистки и концентрации участвующих в работе веществ или вещества путем прокаливания, переплавки, амальгамирования, дистилляции;
священного брака, соития мужского и женского принципов, соединения противоположностей.
Последняя в европейской алхимии имеет форму «химической свадьбы», «королевского брака», соития брата и сестры, Солнца и Луны, Гермафродита и Салмакиды, самца и самки разных животных и т. д., в индийской — союза Шивы и Шакти, в китайской — соединения дракона и тигра или встречи Пастуха и Ткачихи (Небесной Девы). Для египетско-греко-арабско-европейской алхимической традиции крайне важную роль играет также идея смерти (обычно в форме убийства) и воскресения (воскрешения).

Ни одна из алхимических традиций не описана сколько-нибудь полно современной наукой. Исследования находятся в начальной стадии, более или менее достоверно реконструированы лишь отдельные фрагменты алхимических систем. Ведутся споры даже по основным вопросам. Это связано прежде всего с самим характером алхимических учений, имеющих сугубо практическую направленность и предусматривающих трансформацию самого алхимика. Основное открытие исследователей алхимических систем состоит в том, что последние не могут быть правильно поняты без практического прохождения всех их стадий самим исследователем. По самому своему устройству алхимические знания представляют собой чудесные волшебные миры, полные загадок и тайн[источник не указан 26 дней].

Не ясно, насколько алхимические системы разных культур изоморфны друг другу и, в частности, насколько аналогичны их конечные результаты. Также остаются открытыми вопросы о генезе алхимических традиций, существовании единого их источника, взаимных связях и заимствованиях. Не вызывает сомнений генетическая связь внутри следующих групп: